時は、華のお江戸に徳川幕府が生まれて数十年後くらい。主人公はその人並はずれた巨体に大剣を背負う万源九郎（阿部寛）。その大剣は、持った者に想像を絶する力を与えるオリハルコンという謎の地球外金属で作られた“三種の神器”のひとつ“大帝の剣”。この世にはあとふたつ、同じオリハルコンから作られた“闘神の独杵鈷”と“ゆだの十字架”が存在し、みっつの神器全てを手にした者は世界を征するほどの凄まじい力が手に入ると言い伝えられている。
源九郎は亡き祖父の「“三種の神器”を本来持つべき者に届けよ」という遺言を父から受け継ぎ、残りふたつの神器を求めて旅を続けていた。その旅の道中、豊臣の血を引くがゆえに徳川から命を狙われる麗しき姫・舞（長谷川京子）に出会う。襲われる舞を救った成り行きで舞と彼女を守る真田の忍者・佐助（宮藤官九郎）と共に旅を続けることになった。旅を続けるうちに、不可解な言動を見せ始める舞。なんと、舞の体内にはオリハルコンを求めて地球にやってきた宇宙人ランが寄生していたのだ！更に、その様子を密かに覗う謎の美剣士・牡丹（黒木メイサ）もまた、オリハルコンを求めていた。
一方、“三種の神器”と舞の命を狙う徳川が放つ破顔坊（竹内力）、黒虫（六平直政）、姫夜叉（杉本彩）、手妻の籐次（大倉考二）といった妖怪忍者軍団“土蜘蛛衆”。そして、宇宙人ランを追って、宇宙の果てから宿敵ダクシャが来襲し、野生の熊、猟師の権三（遠藤憲一）、破顔坊と次々にその宿主を変え、源九郎たちの行く手を阻む。
次々に襲い掛かる人智を超えた敵、オリハルコンをめぐる壮絶な死闘に、源九郎は不敵に笑う…おもしれぇ!!
