“血の大みそか”から15年が経った西暦２０１５年。歴史では、２０００年の巨大ロボットによる人類滅亡計画は、悪魔のテロリスト・ケンヂとその仲間がおこなったものとされ、それを阻止した“ともだち”は世界の救世主と崇められていた。そして“ともだち”は、間もなく人類が滅び、“ともだち”を信じる者だけが救われるという予言を広める。
ケンヂの姪・カンナ（平愛梨）は、行方不明になったケンヂに替わり、ユキジ（常盤貴子）によって育てられ、高校生となっていた。“血のおおみそか”の真相を知るゆえに“ともだち”を救世主とする歴史に反発するカンナは、あるきっかけから刑事の蝶野（藤木直人）と知り合い、蝶野は次第にカンナの話を信じ、手助けするようになっていく。だが、学校でも問題児扱いされるカンナは“ともだちランド”での研修を命じられてしまった。“ともだちランド”とは、“ともだち”が統治する社会のルールからはみ出した人間を洗脳する施設だ。“ともだちランド”で優秀な成績を記録したカンナは、ボーナスステージへと進み“ともだち”の真相に近づいていく。
一方、オッチョ（豊川悦司）、ヨシツネ（香川照之）ら、“血の大みそか”以来散り散りになっている秘密基地のメンバーたちは、それぞれひそかに闘いを続けていた。そんな中、モンちゃんは「しんよげんの書」の存在に気づく。蘇ってゆく“ともだち”を知る幼馴染たちの記憶。いったい“ともだち”は誰なのか!?
