２００７年から１年間にわたってテレビで放送され大人気を博した「仮面ライダー電王」。放送終了後も２本の劇場版が製作されるなど異例の展開を見せた「電王」は、２００８年公開の映画『さらば仮面ライダー電王』で幕を閉じた。だが、それは序章に過ぎなかったのだ。いまここに、真の「電王」の物語が「超・電王」として幕を開ける！
時空を巡る「電王」の今回の舞台は室町時代。オニ一族を名乗る金と銀の仮面ライダーが相手だ。電王の新フォームも登場し、さらに『さらば電王』で初登場したNEW電王も大活躍する。クライマックスは電車と戦艦の砲撃戦がド迫力で描かれる。
そして、現在テレビで放送中の「仮面ライダーディケイド」が劇場版初登場。これまでの平成ライダーがクロスオーバーしていくテレビ版「ディケイド」は４月下旬から「電王編」に突入。劇場版と表裏の関係をなす展開となっていく。
キャストは、桜田通、中村優一、秋山莉奈、石丸謙二郎ら「電王」組に加えて、井上正大、森カンナ、石橋蓮司ら「ディケイド」のメンバーも参加。関俊彦をはじめとする声優陣ももちろん登場だ。さらに、室町時代の娘・トキ役で、人気アイドルのアッキーナこと南明奈も出演する。
脚本はテレビシリーズ、劇場版と「電王」ワールドを創り出してきた小林靖子。監督は平成仮面ライダーシリーズには欠かせない田崎竜太。強力タッグで「超・電王」の幕開けを飾る。
新たな旅のレールは「超・電王」へ！ クライマックスは『劇場版 超・仮面ライダー電王＆ディケイド』から始まる！
田舎の平和な村に突然、鬼の一団・オニ一族が現われた。オニ一族は大きな地震で一時的に過去と現在が繋がったのを利用して“鬼の切り札”を探しに来たのだった。
それを追って仮面ライダー電王に変身する良太郎と、デネブ（声：大塚芳忠）、さらに良太郎の孫である幸太郎＝NEW電王（桜田通）たちも駆けつけるが、過去で鬼が退治されていないことで、現在の時間が歪みはじめていた。そのために良太郎もコハナのように子供の姿になってしまい、モモタロス（声：関俊彦）たちともはぐれてしまった。そして、仮面ライダーゼロノス＝侑斗（中村優一）はその姿を消してしまっていた。
良太郎たちは鬼に襲われる少年・ユウを助け“鬼の切り札”について尋ねるが答えは得られない。そして、鬼の切り札を探し、歪んだ時間を直すために、小さな良太郎一行の鬼退治の旅が始まった。
途中、立ち寄った昭和の町で、次狼、力、ラモンに憑依するウラタロス（声：遊佐浩二）、キンタロス（声：てらそままさき）、リュウタロス（声：鈴村健一）を発見、さらに光写真館で門矢士＝仮面ライダーディケイド（井上正大）に憑依しているジーク（声：三木眞一郎）を押しつけられた一同は、鬼退治伝説の鬼にされてしまったモモタロスを追って室町時代へと飛ぶ！
襲い来る金と銀の仮面ライダーを相手に、鬼退治の武士・トキ（南明奈）を助け、新フォームの電王とディケイドがド迫力バトルを展開する。果たして、良太郎たちは時間の歪みを直せるのか？
