
しんのすけ(声:矢島晶子)たち野原一家が暮らすカスカベでは、ゴミの分別やリサイクル推進など、エコロジー化運動がにわかに活発となっていた。
ある日、地域のゴミ拾いに参加していたしんのすけは、河原でおいしそうなドリンクを拾い、家へと持ち帰る。ところが、しんのすけが冷蔵庫に入れておいたそのドリンクを、ひろし(声:藤原啓治)とみさえ(声:ならはしみき)が飲んでしまった。すると、ひろしはニワトリに、みさえはヒョウにと、それぞれ姿を変えてしまう。そのドリンクは、新町長に就任した四膳守(しぜんまもる)が推進する“人類動物化計画”の第一歩、人間を動物に変えて野生の自然を取り戻そうという“人類動物化ドリンク”だったのだ!
戸惑う野原一家の前に襲いかかってくる謎の一団。風間くんやマサオくんたちも巻き込まれて、みんな謎の組織に捕まってしまった。しんのすけたちはなんとか力を合わせて逃げ出したが、動物化したひろしとみさえは組織の基地へと連れ去られてしまった。
そして、謎のセクシー美女・ビクトリアと出会ったしんのすけは、四膳が過激なエコ組織“SKBE(Save Keeping Beautiful Earth)=スケッベ”のリーダーだと知らされる。両親を救うため、しんのすけは妹・ひまわり(声:こおろぎさとみ)と愛犬・シロとともに、SKBEの本部へと向かう!