妖精のシプレとコフレと出会って伝説の戦士・プリキュアになった中学２年生の花咲つぼみ（声：水樹奈々）と来海えりか（声：水沢史絵）。ある朝、つぼみが目を覚ますとシプレとコフレがいない。まさか、家出？ シプレとコフレの残していった手紙を頼りに、つぼみとえりかは海の上に浮かぶ遊園地・フェアリーパークへとやってきた。そこにはシプレとコフレたちだけでなく、タルトやシフォン、ココやナッツ、ミルクたち、たくさんの妖精の姿があった。
シプレとコフレと再会したつぼみとえりかは、ひょんなきっかけから桃園ラブ（声：沖佳苗）たち４人と知り合いになった。ラブたちは11人の友達と待ち合わせしていたのだが、ラブのオッチョコチョイのせいですれ違いになってしまったのだという。つぼみとえりかとラブたちは、みんなでアトラクションを楽しみながらラブたちの“友達”を探し回る。同じころフェアリーパークの中では、夢原のぞみ（声：三瓶由布子）たち５人や、日向咲（声：樹元オリエ）と美翔舞（声：榎本温子）、美墨なぎさ（声：本名陽子）と雪城ほのか（声：ゆかな）に九条ひかり（声：田中理恵）たちも“友達”を探していた。
そんなフェアリーパークに、突如として異変が起きる。かつてプリキュアが倒したはずの悪者たちが現われたのだ。つぼみとえりかはプリキュアに変身！ そしてラブたちも変身!! そしてそして次々とプリキュアが大集合!!
悪者たちを操っているのは、深海の闇を支配するボトム。フェアリーパークの大切なレインボージュエルが奪われたら、世界は闇に包まれてしまう……。
強敵に立ち向かう17人のプリキュアと妖精たち。そしてミラクルライトが光るとき、奇跡が起こる!!
