優しい両親に育てられた女子高生・渚凛（なぎさ・りん／杉本有美）は、ここ数日、原因不明の腕の痛みに悩まされていた。
16歳の誕生日、学校でのイジメに苦しみ手首を切ろうとした凛に、見慣れぬ制服姿の少女が「人として生きられる今日を大切にしな」と謎の言葉をかけていく。そして運ばれた保健室で、凛は奇妙な出来事を体験する。
自分の体に異変が起きていることに気づきはじめた凛に、父（津田寛治）は衝撃の事実を明かす。その直後、突然押し入ってきた男たちによって惨殺される父と母（いとうまい子）。そのとき、凛の右腕が変形し、秘められた力が覚醒する！
世間から追われる存在となった凛の前に、学校で言葉をかけてきた少女・玲（高山侑子）と、如月（坂口拓）という男が現われた。ふたりは凛に鉄仮面を被せると、どこかに連れ去っていく。
凛は、自分が特殊な力を持つ“ヒルコ族”であることを知らされ、ほかのヒルコ族の少女とともに戦士となるために厳しい訓練を受ける。如月はヒルコ族を迫害してきた人間への復讐を目的に、戦士を育てようとしていたのだ。
教育係の玲から与えられる想像を絶する苦しみの中で、凛に被せられた鉄仮面が割れた。それは凛が真の力に目覚めたことを意味していた。
凛は、佳恵（森田涼花）とともに、ヒルコ族抹殺を企てる小清水防衛庁長官（竹中直人）殺害の任務を与えられる。小清水主催のパーティー会場に潜入した凛と佳恵は、特殊部隊と壮絶な闘いを繰り広げる。
やがて幕を開けるヒルコ族と人間との全面戦争。その中で凛の中に芽生えていくものとは？
