行合なぎさ（声：片平美那）は、海辺の町・日ノ坂町にある日ノ坂高校のラクロス部２年生。同じラクロス部の龍ノ口かえで（声：田中有紀）と、お菓子作りが好きな土橋雫（声：岩淵桃音）は幼なじみで、いまも３人は仲のいい友達だ。
名門・鶴ヶ岡女子学園のラクロス部エース・浜須賀夕（声：飯野美紗子）も、なぎさたちの幼なじみだが、かえでは夕をライバル視しており、ときどき夕の悪口を言う。人の想いを現実にする言葉の力＝コトダマを信じているなぎさは、親友のかえでが悪い言葉を使うのが気になりながらも、その気持ちをかえでに伝えることができずにいる。
そんななぎさは学校からの帰り道に突然の雨に降られ、いまはもう営業してない喫茶店・アクアマリンの軒先で雨宿り。たまたま鍵の開いていたドアから店内に入ったなぎさは、店の一角に小さな放送設備があるのを見つけ、機材の前に座るとふざけ半分にラジオＤＪの真似事をする。その声が、電波に乗っているとは知らずに――。
翌日、なぎさは誰かが昨日の“放送”を聴いていたことを知る。放送を聴いていたのが夏休みの間だけ日ノ坂町に滞在している高校生の矢沢紫音（声：三森すずこ）であることを突き止めたなぎさは、夏休みの間、一緒に喫茶店・アクアマリンからミニＦＭのラジオ放送をしようと紫音に持ちかける。
こうして始まったミニＦＭ「ラジオアクアマリン」には、かえでや雫も参加。さらに日ノ坂高校の生徒でラジオに詳しい中原あやめ（声：神戸光歩）と、その友達で湘南音楽学院に通う琵琶小路乙葉（声：鈴木陽斗実）も加わり、徐々に本格化していく「ラジオアクアマリン」は、町の人々にも知られるようになっていく。しかし――。
