２００３年１月登場以来、子供たちのみならずその父親たちまでも巻き込み一大ムーブメントとなったカードゲーム「甲虫王者ムシキング」。そのゲームの持つ魅力とは、ＣＧによるリアルな甲虫たちの＜必殺わざ＞と＜熱いバトル＞である！ 子供たちは、さまざまムシと多種多様なわざのカードの組み合わせにより独自の戦略を駆使し、ゲームに挑んでいる。現在、ゲーム機は全国６５００店舗にて展開され、カード出荷枚数は２００６年11月末までで４億８００万枚に達する。
今回の劇場版『甲虫王者ムシキング スーパーバトルムービー 〜闇の改造甲虫〜』では、ムシキングの最大の魅力であるバトルシーンをクローズアップ！ ストーリー展開も含め、ゲームユーザーに馴染み深いアーケードゲームの世界観を忠実に再現した。また、本映画では新ムシ＜スジブトミヤマクワガタ＞が登場。お調子者で小心者のスジブトが、勇敢に敵に立ち向かうムシへと成長する。＜ムシキング＞のほかにも＜コーカサスオオカブトムシ＞や＜ヘルクレスリッキーブルー＞など人気の甲虫も勢揃いする！
監督は、アニメスタジオ「神風動画」を率いミュージックビデオなどのアニメを制作、オムニバス映画『ZOO』（２００５）の一篇「陽だまりの詩」で劇場映画初監督をつとめた水崎淳平。また、人気お笑いコンビ・ドランクドラゴンがゲスト声優として参加、さらに主題歌にも初挑戦している。
森の奥深くにある、妖精と虫たちの楽園。そこには森の妖精ポポ（声：進藤尚美）や甲虫の王者ムシキング（声：堀井真吾）、多くの甲虫たちが仲良く暮らしていた。
ある日、ポポの前に別の森からムシキングに挑戦を申し込みに来たというお調子者の甲虫・スジブトヒラタクワガタ（スジブト＝声：塚地武雅）がやってくる。そこへ突然、赤い目の甲虫ヘルクレスリッキーブルー（リッキー）が襲い掛かってきた！ リッキーは森を支配しようと企む闇の妖精アダー（声：佐藤正治）に操られていたのだ。ポポとスジブトはムシキングに助けられるが、アダーに操られるギラファノコギリクワガタも現われ、ポポたちをかばいながら２匹の甲虫を相手にしたムシキングはついに力尽き、アダーに捕えられ連れ去られてしまう。
バトルのあと、ポポに助けられたリッキーは正気を取り戻した。ムシキングを救うためにアダーのアジトへ向かおうとするポポとリッキーに、小心者のスジブトも勇気を振り絞ってついてきた！ ポポたちを待ち受けるのは赤い目の巨大な外国甲虫たち。そしてアダーの闇の力によって強大なパワーを与えられた改造甲虫がサナギからかえろうとしていた！ 果たして森の平和は取り戻せるのか!? ここに究極のスーパーバトルが繰り広げられる!!
